张角一面派人在政府机关门上写上“甲子”二字为记认，另一方面派马元义到荆州、扬州召集数万人到邺准备，又数次到洛阳勾结宦官封胥、徐奉，想要里应外合。
跟随者马元义之人乃是唐周，唐周双眼阴险，进入京师看到告示，若发现太平道之人，告之官府必将悬赏封户，唐周大喜，于是便供出了在京师的马元义，官兵前来，抓住了马元义，马元义被车裂，官兵大力逮杀信奉太平道信徒，诛连千馀人，并且下令冀州追捕张角。
消息传来，我们大惊，张角手中紧握着九节杖，说道：“事到如今唯有反叛，此乃我太平道之难也，先生和吾弟可立马召集教徒！我等皆共讨汉室。”
我们点了点头。
不久之后教徒齐聚，数十万教徒仰望着上空，齐呼：苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉！
张角自称为天公将军，手持九节杖飞奔在众人面前，张梁张宝、张梁分别为“地公将军”、“人公将军”在北方冀州一带起事。黄巾大军一至烧毁官府、杀害吏士、四处劫略，教徒勇猛异常，常常使得众人逃窜，一个月内，全国七州二十八郡都发生战事，京都震惊。
见太平道如此厉害，慌忙于3月戊申日以何进为大将军，率左右羽林五营士屯于都亭，整点武器，镇守京师；又自函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等各京都关口，设置都尉驻防；下诏各地严防，命各州郡准备作战、训练士兵、整点武器、召集义军。
京都中
汉灵帝在叹气着，说道：“如此黄巾军难道是顺应天意来讨伐汉室，诸位皆有和办法？”
皇甫嵩说道：“如今黄巾之猛，在于他们的志气，如拿出皇宫钱财及西园良马赠给军士，提升士气，这样可抵黄巾也！”
吕彊又对灵帝上言：“陛下必须解除党禁党锢久积，若与黄巾合谋，悔之无救。党锢之祸积怨日久，若果与黄巾合谋，汉室恐怕已经无救了。”汉灵帝接纳提案，在壬子日大赦党人，发还各徙徒，要求各公卿捐出马、弩，推举众将领的子孙及民间有深明战略的人到公车署接受面试。
另一方面发兵阵压各地乱世。卢植领副将宗员率北军五校士负责北方战线，与张角主力周旋，张角亲领阵前，飞奔上前，双脚如风气一般的迅猛，众人大惊，宗员惊慌落马，不一会儿大军前来，宗员只得带军回城，死守城墙。
消息传到卢植处，卢植大怒：“休得胡言，此些乃迷惑于人的戏法，如果宗员在胆怯，那他可回来，夺去汉室官吏，我将前往，如他死守等我，城不破，吾将禀报灵帝，封侯嘉奖。”
探子将消息带回到宗员处，宗员大喜，死守城门，与张角主力不停的周旋。
皇甫嵩及朱隽各领一军，控制五校、三河骑士及刚募来的精兵勇士共四万多人，讨伐颖川一带的黄巾军，朱隽又又上表召募下邳的孙坚为佐军司马，孙坚乃江东豪门，勇猛异常，带同乡里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出发与朱隽军连军，战前飞奔，张梁见此，呼应大石，恶劣的天气影响下，汉军皆不能进。
庚子日，张曼成攻杀南阳郡守褚贡，响应张角。
消息传来，我们大喜，更加的进攻宗元，不久破城，宗元逃往卢植处，我们不停的追赶，就在这时，三人领着大军前来助卢植，就在我们即将要进攻的时候，一巨大身影出现在我周围，卢植军早已冲过来，那身影越发的高大，仿佛在混乱的人群如小山一般的恶煞。
“先生小心！”张角飞奔过来挡住了那人，这时候我才看清楚了他的模样，此人长髯凤眼，手持长刀，身材高大出常人几倍。
张角抵住了此人。
“云长！我们来助你！”又一声音响起，两员将领纷纷袭来。
然则我们的大军实在是众多，不多时，卢植军退去。
汉军在首战并未得利，于4月，朱隽军就被黄巾波才所败而撤退，皇甫嵩唯有与他一起进驻长社防守，被波才率大军围城，汉军人少，士气低落，皆被黄巾之勇所吓。。
又汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋及太守刘卫，黄巾军并未因汉室的动作而有败退的迹象。
184年5月，京师见皇甫嵩被围，派曹操率领军队救援，不过援军未到时，皇甫嵩已心生一计，在傍晚时份吹起大风，皇甫嵩命士兵手持火把暗暗出城，利用黄巾军营寨周围的杂草，用火攻大破敌人，大呼进攻，城上亦举出火把响应，皇甫嵩以鼓助战，冲入敌阵，黄巾军大乱，四处奔走。又遇上曹操的援军，被皇甫嵩、朱隽和曹操三面夹击，斩杀数万人，汉军大胜。
此乃黄巾军首败。
184年6月，南阳太守秦颉与张曼成战斗，斩杀了张曼成。
由此黄巾军便改以赵弘为帅，以十多万人占据宛城。而皇甫嵩与朱隽军继续进击汝南、陈国的黄巾，追击波才到阳翟，最后在西华大败彭脱，馀军想逃到宛城，正时，一虎声响起：“孙坚在此！”孙坚登城先入，众人蚁附般推进，大破敌军，成功讨平豫州一带的黄巾军。
我们与卢植对视多日，然消息传来，张角口中吐血，卧倒于床中。
我走到了床前，张角说道：“如今莫非我太平道要失算也~先生，我应该听从于吉道人的警告，现在吾之惩罚已经到来，身心溃散。”
说着眼泪即将流了出来，我叹了一口气：“你可不必担心，我们近日必将努力攻破卢植。”
张角点了点头：“先生可叫大军用黑血泼于身上，获得黄天神力再次的点燃火把，这样便可大破卢植。”
“嗯！”
黑血乃是张角集万物种之血所成，置于军中大缸，正要走过去，一士兵来报：“报，大缸无意出现裂痕，黑血已经洒满地面！”
我呆愣住了，“你、你说什么？”
士兵说道：“要、要报于将军否？”
我摇了摇头，“现在将军然恶疾，再次报之，必将急火攻心，你今夜召集军队，点亮火把，今夜我们将攻破卢植！”
“是！”
在此夜，我们点亮了火把。
从密林中走过，即将抵卢植城的时候，大雨倾盆，火被消息。
我大叫了一声：“此乃苍天要灭黄巾矣！”
正在这时，卢植呼声传来，带领着那三将赶到，大军前来，我们皆逃走。
只有逃到了广宗，时张角嘴已吐血，恶疾病发开始。
卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，将可攻下城池。
正在这时灵帝派遣左丰视察军情，左丰乃阴险，贪财之人，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不肯，左丰便向灵帝诬告卢植作战不力。灵帝大怒，用囚车征卢植回京。
对军队再次的调整，皇甫嵩北上东郡；朱隽则攻南阳的赵弘；而以董卓代替卢植，董卓乃肥胖之人，西凉太守，兵力雄厚，很快就与黄巾相对，一番厮杀，黄巾皆逃。
然在这时，一些小的教派，如“五斗米”教崛起，领导人“五斗米师”张修攻打郡县，但未受到汉室重视。