6月14日，漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤，率众四千铁骑进犯大明陕西承宣布政使司治下的洮州卫军民指挥使司。
当即就遭到了明洮州卫军民指挥使司副总兵：李联芳，率军追击被遇伏兵战死！明军溃败，明洮州卫军民指挥使司把总：何无衡，等人均战死。
到了7月12日，漠南蒙古多罗土蛮部首领又犯临洮府河州卫军民指挥使司，攻占了卫指挥所附近城楼，明临洮府总兵：刘承嗣，连夜出战，遭遇大雨兵败！损失惨重，致使漠南蒙古多罗土蛮部劫掠内地二十多日才退去。
随后漠南蒙古土蛮贵族黄台吉：孛儿只斤·卜言台周，率部攻打辽东都指挥使司沈阳中卫，又深入到海州卫境内。
沿途大败明军守将，但明辽东总镇总兵：李成梁，却谎报军情。
使得原本占据了朵甘都指挥使司的漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤，再次出兵牵制西部战线，攻打陕西承宣布政使司洮州卫军民指挥使司、河州卫军民指挥使司。
在加上原本袄儿都指挥使司河套部首领：孛儿只斤·卜失兔（大明顺义郡王兼漠南蒙古土默特部彻辰汗：孛儿只斤·扯力克，长子）率军迂回绕过陕西行都指挥使司西宁卫前去攻打永昌卫。
欲断西域驻军后路打算夺取陕西行都指挥使司所在地都司府地区，一时间大明西部边疆纷纷告急！明洮州卫军民指挥使司总兵：李承芳，上奏朝廷请求出兵。
明神宗：朱翊钧，特命，明戎政尚书：郑洛，在陕西承宣布政使司固原州固原卫总镇扎营，下令进军陕西行都指挥使司永昌卫、西宁卫南川伏羌堡等地，反击退敌十万人，明军大获全胜。
致使大明顺义郡王兼漠南蒙古土默特部彻辰汗：孛儿只斤·扯力克，来大明朝贡谢罪，而另一个位漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤，也被迫撤军。
但却被大明革除了互市。
8月10日，明贵州巡抚兼都察院右都御史：叶梦熊，上奏朝廷道“今播州宣慰使：杨应龙，不法诸事独霸一方，他所居府宅皆雕龙饰凤，又擅用阉宦，俨然是一个土皇帝，且为人狡诈多疑，好以诛杀立威，结怨甚深，其所辖五司七姓军民不堪其虐，纷纷叛离，此人还听信宠妾谗言，杀妻及岳母，被其妻叔：张时照，上告，臣力主勘问。”
此时四川承宣布政使司松潘卫地区动乱不安，而播州宣慰使司兵力又不断受调，到外地协防，由此引起了地方官府的不安，毕竟居心叵测之人分兵镇守边疆实乃大忌！
但是明四川巡抚兼都察院山东道监察御史：李化龙，却认为边疆之地本就需要兵力强悍之人镇守，故此奏请暂免勘问，导致黔蜀两地意见不一。
9月12日，明神宗派遣大臣责问内阁群臣们，询问；屡有人疏请开矿，为何不见户部奏复？
于是明内阁首辅：申时行，就带头回奏道“天地生财本以资国家之用，况且今国库无余财、山泽无遗利，为权宜之计，开矿亦为不失理财之策，但开矿必当聚众，聚众必当防乱，现今山西承宣布政使司、河南承宣布政使司之间，矿徒啸聚事态汹汹，欲闹事端，廷臣们正商议如何平息？若官府此时开矿，恐奸民趁机争利，隐患愈不可测，且朝廷一切事务，关系大体，岂可不惜所费而为，若开矿只为求利，必须事先计算工本，募工之费若干，防兵之费若干，开矿所得之利若干，必见出少入多，不为虚费，而后才可以斟酌开采，切不可因为民间一时之私请，朝廷便可议开，而户部之所以迟迟未回复陛下，其一是为了防患、其二是出于爱惜钱财、其三是怕差官扰害地方军民、其四是不愿意泄露国家目前窘急之状，使外夷更加轻视华夏。”
此举被明神宗留中不发！依然坚持开矿。
12月16日兵部奏报道“近来边防废驰，阅视宜严，谨防蛮夷祸乱。”
使得明神宗遂令心腹廷臣九人，分阅京师九边重镇边防，并严查核实边臣失职，参劾重处。
时奉命前往九边重镇的阅视官员，分别为；明通政使司右通政：穆来辅，阅视北直隶京师永平府蓟州镇兼保定府大宁都指挥使司、昌平州，明大理寺右少卿：王世扬，巡视陕西承宣布政使司延绥镇，明光禄寺少卿：曾乾亨，阅视山西行都指挥使司大同府大同镇，明尚宝司丞兼都察院陕西道监察御史：周弘禴，巡视宁夏六卫，明兵科都给事中：张栋，阅视固原镇（固原卫），明吏科左给事中：侯先春，前往辽东都指挥使司，明工科右给事中：踵羽正，前往万全都指挥使司宣府镇，明兵科给事中：张贞观，前往山西承宣布政使司山西镇（宁武守御千户所），明工科给事中：李汝华，前往陕西行都指挥使司甘肃镇。
12月22日，明神宗召群臣在武英殿内，对明内阁首辅：申时行，等群臣们训话道“祖宗训录乃今朝之史鉴，岂可不得而知？今令抄写装订成册，以便朝夕览观，知我祖宗治国家之法，修身勤政之要。”
就这样由明内阁首辅奉命进呈「累朝训录」共一千九百二十八卷。
明万历十九年公元1591年正月28日，大明缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝国主：南达勃因（汉名：莾应里）再次率军乔装打扮，以之前的道路行军进犯云南承宣布政使司永昌军民府、腾越州，一带地区。
明云南副总兵：万国春，连夜设立火炬为疑兵，出动骑兵恐吓缅军，在发火炮打退象军，驱逐入侵缅军出境外。
并追击到莫蛮安抚使司，击败其众。
6月30日，南直隶苏州府、松江府，发生大水，淹死数万人。
7月17日，南直隶苏州府、松江府、常州府，以及浙江承宣布政使司宁波府、绍兴府，濒海地区又发生大风雨，海溢伤害庄稼，淹死人畜不计其数。
同时明太子太保兼武英殿大学士：许国，上疏称“今四夷交犯，而内外小臣争朝务攻击，致大臣纷纷离去，谁能再为国效力？请申谕诸臣，各修职业，不得意气用事，攻击大臣。”
明神宗得知后，立即告诫六部和都察院官员们，下令道“近来或卑凌尊，或新间旧，或僚属而制官长，或长吏而排阁臣，致使国事纷纷，朝纳混乱，大臣解体，争欲去官，国无其人，朕与谁共理国事！今后再有肆行诬蔑大臣者将重治不贷。”
7月24日，明福建按察佥事：李琯，上疏弹劾论明内阁首辅：申时行，十大罪！其一；明盐城县训导：庞尚鸿，奏寿宫（明神宗选择的陵墓）有水、不吉利，但明内阁首辅却置之不理。其二；倡言陛下欲另立皇太子，谋拥立之功。其三；请陛下下诏禁言路。其四；将明南直隶国子监司业：刘应秋、明广东布政使司右参议：章守诚、明南直隶吏部验封清吏司主事：蔡时鼎，告发自己罪状的奏折留中不发，其欺君罔上行为甚于张阁老。其五；其子：申用嘉，假冒籍贯，中浙江承宣布政使司乡试、其婿：李鸿，假冒籍贯纳监，村民：沈璟强、汪让，代为取中。其六；纵容家人：宋九通，贿纳京卫经历使司，未尝历俸，竟得双封。其七；受明兵部右侍郎兼都察院左副都御史：郜光先，之贿金，而私授他为总制陕西三边总督军务官职，致使敌寇盘跨两川。其八；私收明辽东总镇总兵：李成梁，贿金为他掩盖败绩，阵亡八百人，竟反以奏捷议赏。其九；为明湖广巡抚兼都察院右副都御史：秦耀，报私怨，而暗中排挤明吏部尚书：宋琯，为明金门备御千户：徐春时，复私仇，而排斥明吏科左给事中：张养蒙。其十；接受被罢官回府听候处理的明漳州府知府：胡继新，之珠宝而私自将其留用，接受因罪被审问的明神武中卫指挥佥事：李时孝，之宝玉，而免去其罪。
最后还列举了明文渊阁大学士：王锡爵，的诸多不法事件，称其与明内阁首辅：申时行，是；同恶相济、宜并罢斥，以正欺蔽之奸。
在明福建按察佥事：李琯，将奏折呈上去后，明武英殿大学士：许国，立刻辩说法司弹劾阁臣无先例。
于是明神宗传令由；六部、六科，进行私议，处决把李琯革职为民。
8月初9日，南直隶凤阳行都督府泗州以及泗州卫大水，淹没卫指挥所公署三尺深，溺死军民无数，且浸及凤阳行都督府祖陵〈孝陵卫〉。
为此明工部尚书：曾同亨，奏报此事上朝堂惹得群臣们议论纷纷，明神宗遂命明工科给事中：张贞观，前往凤阳行都督府泗州卫勘视水势。
9月12日，漠南蒙古鄂尔多斯部首领（打儿汉子部首领）：土昧，与河套永谢部首领：长明安，打算向朝廷提出互市请求，复开临边要赏，声犯内地以求赦书。
这引起了坐镇在陕西承宣布政使司的，明兵部尚书兼陕西三边总督：魏学曾，的注意他特地传令让，明延绥总镇总兵：杜桐，率军出击斩杀河套永谢部首领。
很快明延绥总镇总兵：杜桐，就与明延绥总镇巡抚：贾仁元，用计先出兵奇袭河套永谢部逼出首领追击。
在让明榆林卫右参将：张刚，出延绥总镇镇羌守御千户所神木县，明镇羌守御千户所游击将军：李绍祖，自延绥总镇孤山堡出击，主力方面由明延绥总镇总兵：杜桐，率领轻骑自延绥总镇榆林卫，三道并进夹击敌寇。
明军一遭遇到河套永谢部就力战，大破敌军斩首四百七十三人，河套永谢部首领：长明安，被明军火铳队射杀。