9月12日，河套打儿汉子部首领：土昧，与河套永谢部首领：唐兀·明安，打算向朝廷提出互市请求，复开临边要赏，声犯内地以求赦书。
这引起了坐镇在陕西承宣布政使司的，明兵部尚书兼陕西三边总督：魏学曾，的注意他特地传令让，明延绥总镇总兵：杜桐，率军出击斩杀河套永谢部首领。
很快明延绥总镇总兵：杜桐，就与明延绥总镇巡抚：贾仁元，用计先出兵奇袭河套永谢部逼出首领追击。
在让明榆林卫右参将：张刚，出延绥总镇镇羌守御千户所神木县，明镇羌守御千户所游击将军：李绍祖，自延绥总镇孤山堡出击，主力方面由明延绥总镇总兵：杜桐，率领轻骑自延绥总镇榆林卫，三道并进夹击敌寇。
明军一遭遇到河套永谢部就力战，大破敌军斩首四百七十三人，河套永谢部首领：唐兀·明安，被明军火铳队射杀。
消息传开之后，河套部驻扎的漠南蒙古各部就像炸开了锅一样，以原大明袄儿都指挥使司，现今河套鄂尔多斯部为主打头阵，打算对明军进行报复，自此陕西承宣布政使司兵端复开。
河套永谢部首领之子：唐兀·摆言太，日思报复大明，打算联合明袄儿都指挥同知：孛儿只斤·卜失兔（大明顺义郡王兼漠南蒙古土默特部首领：孛儿只斤·扯力克，长子）、漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤、河套鄂尔多斯部忙忽军民千户：垒青古拉齐（铁雷）、河套鄂尔多斯部万户兼吉能：孛儿只斤·诺延达喇，河套鄂尔多斯部幹鲁忽奴千户：孛儿只斤·切尽黄台吉、漠南蒙古敖汉部首领：孛儿只斤·小歹青，等部进攻大明帝国。
导致明延绥总镇总兵：杜桐，先是被朝臣给弹劾罢免，后又以功劳，授封为「右军都督府都督佥事」。
10月初1日，明工部尚书：曾同亨，督工，请「清皇内府工匠」由其弟明光禄寺少卿：曾乾享，上疏请求；裁冗员以裕经费。
京营各路武官听信流言，误以为欲减其俸粮，共同起事拥兵从内城直入左右长安门，欲向皇城内的内阁群臣们控诉情况，恰好偶遇明工部尚书出朝至此，遂闹嚷大哗围而辱之。
明兵部尚书：石星，闻讯立即前往，传旨宣布解散闹事京营武将，并且惩罚掌管后军都督府事的明太子太保兼定国公：徐文璧，被夺俸半年，守门官由法司提审问罪。
同时明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，随着他官场的不断发展，为越发变得贵极而骄，奢侈无度，全辽的商民之利他都揽入自己名下，从此他结交权门和朝廷的官员。
在11月初9日，被明都察院山东道监察御史：张鹤鸣，给弹劾，不成想明神宗直接就罢免了李成梁在辽东都指挥使司的职务，仅仅以大明宁远伯的身份让李成梁来朝觐见。
之前明宁远伯：李成梁，在辽东都指挥使司的时候，所立的战功大多数都是在塞外，很容易缘饰真实情况。
如果敌寇进入内地，就以坚城清野作为依托，拥兵观望形势然后出击，甚至可以掩饰败绩变为功劳，杀良民冒充敌军的首级，也是常有之事！
导致阁部的官员们都被他所蒙蔽，总督、巡抚、监察御史，稍微有与他忤逆的意思，就被他排挤出去，以至于都不能检举他的不法行径。
先后有明辽东巡按兼都察院山西道监察御史：陈登云、明都察院河南道监察御史：许守恩，得到了他杀降冒功的罪证，想要上奏，却被明辽东巡抚兼都察院右佥都御史：李松、明都察院右副都御史：顾养谦，等人的阻止。
既而引起了朝中的议论沸腾，明都察院云南道监察御史：朱应毂、明河南都指挥佥事：任应征、明福建按察佥事：李琯，相继上书予以抨击。
因为明宁远伯：李成梁，的事情有证可查，但是最终因为朝中靠山的暗中支持，才不至于治罪，等到他的靠山明内阁首辅：申时行、明礼部尚书：许国、明文渊阁大学士：王锡爵，等人相继离职之后，明宁远伯就失去了依托，最终被罢免。
12月10日叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，派遣使臣：宜尔当、阿摆斯，到建州左卫军民指挥使司面见明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，向其索要地临叶赫女真部的额尔敏城、扎库木城，这两处地方，遭到了明建州左卫军民指挥使的严词拒绝。
在此之后叶赫女真部东城贝勒又联合；辉发女真部、哈达女真部，一同派遣使臣至建州左卫军民指挥使司，以武力相威胁，继续索要土地，从而激怒了明建州左卫军民指挥使。
他下令将叶赫女真部为主的，三部女真使臣驱逐出建州左卫军民指挥使司后，又写了一封十分辛辣的书信，用来讥讽叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，与叶赫女真部西城贝勒：纳拉·布寨，并让使臣当着两人的面宣读此信，以此来羞辱两位贝勒爷。
这使得被明建州左卫军民指挥使惹恼了的叶赫女真东城贝勒，自恃部众强大，并在朱舍里部女真、纳殷部女真，的支持下，抢掠了建州左卫军民指挥使司统治下的洞寨。
考虑到出于亲情关系，再加上自己已经派出兵力去东征东海野人女真部、长白山女真部、鸭绿江女真部，所以对于这次叶赫女真部的抢掠，明建州左卫军民指挥使没有发兵报复叶赫女真部。
也让叶赫女真部东城贝勒觉得明建州左卫军民指挥使，软弱无能，属于欺软怕硬之类，不足为奇，根本不把他放在眼里。
12月26日，漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤、漠南蒙古土默特部首领兼大明顺义郡王：孛儿只斤·扯力克，再次入侵陕西承宣布政使司洮州卫军民指挥使司、临洮府地区。
当地守军立刻传报告急，明神宗：朱翊钧，派遣了明尚宝司丞：周弘禴，以都察院陕西道监察御史的职位巡视宁夏六卫。
上任后明都察院陕西道监察御史：周弘禴，就举荐了明宁夏卫副总兵：哱拜，长子明宁夏卫指挥同知：哱承恩，明宁夏卫指挥使：土文秀，以及明宁夏卫副总兵的义子明灵州守御千户：哱云（布延去），等部将前去平叛。
随后明陕西四镇经略：郑洛，就命领宁夏六卫火速出兵援助洮州卫军民指挥使司。
明宁夏巡抚兼都察院右佥都御史：党馨，遂奉令派明宁夏卫指挥使：土文秀，率领一千名骑兵向西进入临洮府，以防漠南蒙古土默特部联军汇合。
这时明宁夏卫副总兵：哱拜，见到自己的战友都被点名出征了，就请求出战但被明宁夏巡抚给无视了，故此他就亲自到明陕西四镇经略军中请战，愿以本部三千人马与长子明宁夏卫指挥同知：哱承恩，一起出征。
此举得到了明陕西四镇经略的准许，为其送壮行酒，但是明宁夏巡抚：党馨，却讨厌他的越级自荐，还故意压制他，使得明宁夏卫副总兵因此心生怨气。
但还是顺利出发了，再出师到达金城后，他看见各镇士兵都出于他的手下，等到击退叛贼，取道塞外回来时，敌人骑兵遇到他都远远的避开，让他有种轻视中原内外之心。
明万历二十年公元1592年正月21日，明礼科都给事中：李献可，率领六科诸臣们邹请预教明皇长子：朱常洛，合力上奏道“皇长子今以年满二十一岁到达弱冠之年，当及早进行预教，请陛下不要在继续沉浸于深宫之中…。”
此奏折一上，惹得明神宗大怒，并摘疏中误书的弘治年号，切责明礼科都给事中：李献可，等人违旨欺君，将李献可贬去一级，降为〈礼科左给事中〉调去外地，其余的官员一律夺俸半年。
但是圣旨下达之后明内阁首辅：王家屏，以为明礼科左给事中：李献可，等人所言甚切，所以拒不奉诏执行，并将明神宗朱批封还，致使明神宗大骂王阁老，无人臣之礼！
此时明吏科都给事中：锺羽正，上奏称“礼科左给事中李大人之疏，臣实赞同，愿与李大人一同治罪。”
随后明吏科给事中：舒弘绪，就上奏道“言官可治罪，但预教必不可不行。”
这让明神宗更加生气，遂将明吏科给事中调往南方，明吏科都给事中与明礼科左给事中则一并以杂职发配边疆。
再遇到明东阁大学士：赵志皋，上疏论救，又遭皇帝陛下斥责。
接着，都察院左右御史、六科给事中，等多人纷纷抗疏谏争，均遭惩处，朝堂惊骇，明神宗直接将明礼科左给事中：李献可，为主的上奏之人革职除名，永不叙用。
2月10日，明宁夏卫副总兵：哱拜，因被人（明榆林卫兵备道副使：张继芳）举报吃空饷？而受到了明宁夏巡抚：党馨，的裁抑，其实吃空饷是小事，企图招揽兵马是大事，有造反的前奏。
长子明宁夏卫指挥同知：哱承恩，也因强占民女为妾，而受到明宁夏巡抚下令鞭打他二十下以示告诫。
就连明灵州守御千户：哱云、明宁夏卫指挥使：土文秀，也因为其他原因而怨恨明宁夏巡抚。
恰好戍卒请求衣服、粮食，很久都没有收到，故此明宁夏卫副总兵：哱拜，就唆使明宁夏卫左参将：刘东旸、明宁夏卫右参将：许朝，犯上作乱。
于2月18日辰时，纠集部众发动反叛，杀死明宁夏巡抚：党馨、明榆林卫兵备道副使：石继芳，放火焚烧宁夏卫指挥所公署、劫夺符印、开库发银、释放囚犯、抢掠居民，还杀死明宁夏卫游击将军：梁琦、明宁夏卫守备：马承先。
又强迫明宁夏卫总兵：张维忠，交出敕印，逼他自缢而死！